Das KMU-HSG ist formal gesehen ein «weitgehend selbständiges Institut der Universität St.Gallen ohne eigene Rechtspersönlichkeit». Als solches ist es in die Gremien der HSG eingebunden. Die Institutsdirektion und die Geschäftsleitung leiten die operativen Geschäfte des KMU-HSG, der Beirat übernimmt die Rolle eines «Sounding Boards».
Der Rektor der Universität St.Gallen hat die folgenden Persönlichkeiten per 01. Januar 2025 als Beiräte des KMU-Instiuts gewählt:
Co-CEO Berlinger & Co. AG
CEO Häuser Garten AG
CEO Ypsomed Holding
Geschäftsleitung und Inhaberin PACE Communication AG
CEO Thermoplan AG